V navazujícím magisterském stupni náš ústav zajišťuje výuku v jedenácti předmětech studijních programů Stavební inženýrství a Geodézie a kartografie.
Magisterské studium, program Stavební inženýrství
BNA007 Vybrané statě ze železničních staveb 1 (DST)
NNA008 Geografické informační systémy
NNA009 Železniční konstrukce 1
NNB010 Železniční stanice a uzly 1 (DST)
NNB011 Diplomový seminář (K-ZEL)
NNB012 Vybrané problémy z dopravního inženýrství
NNB013 Vybrané statě ze železničních staveb 2
NNB014 Železniční konstrukce 2
NNB016 Železniční stanice a uzly 2
Magisterské studium, program Geodézie a kartografie
NNB017 Dopravní stavby